Die Frauenklinik deckt das gesamte Spektrum der modernen Gynäkologie und Geburtshilfe ab. Mit 80 Betten bildet sie die größte Klinik in der Schleswig-Holsteinischen Schwerpunktversorgung. Im soeben eröffneten neuen Kreißsaal ist durch warme Farben und harmonische Formen eine familiäre Entbindungswelt entstanden. Ein besonderer Vorzug in der Geburtshilfe ist ihre enge räumliche und funktionelle Verzahnung mit der Kinderklinik. Beide Kliniken bilden hierin ein Perinatal-Zentrum, das gerade bei schwierigen Geburtsverläufen wie Frühgeburten eine bestmögliche medizinische Versorgung garantiert.
In der DIAKO Flensburg kommen jährlich rund 1.500 Kinder zur Welt. Die schwangeren Frauen werden durch Gymnastik, Geburtsvorbereitung, Stillberatung und Informationsabende zusammen mit den angehenden Vätern begleitet.
Im Mittelpunkt der Gynäkologie steht neben den operativen Standardverfahren eine qualitativ hoch entwickelte Behandlung von Tumoren der weiblichen Unterleibsorgane. Ein besonderer Schwerpunkt der Klinik liegt außerdem in der Behandlung des Brustkrebses.
Im Mamma-Zentrum arbeiten die Frauenärzte der Klinik mit den Radiologen, Pathologen und plastischen Chirurgen der DIAKO sowie den niedergelassenen Frauenärzten der Region und den Strahlentherapeuten des St. Franziskus-Hospitals in regelmäßigen Fallkonferenzen eng zusammen.
Als Referenzzentrum für das nördliche Schleswig-Holstein in der qualitätsgesicherten Mammografie (QuaMaDi) ergänzt die Radiologie die Kompetenz des Mamma-Zentrums in der Frühdiagnostik des Brustkrebses. Als zugelassenes Krankenhaus für die qualitätsgesicherte Behandlung des Brustkrebses im DMP (Disease-Management-Programm) genießt die Frauenklinik überregionale Anerkennung.