Afdelingen for gynækologi og fødselshjælp dækker hele spektret for dette område. Med sine 80 senge er det det største afsnit af sin art i landet Slesvig-Holsten. En force ved fødeafdelingen er dens nære relation og funktionelle samarbejde med børneafdelingen. Begge afdelinger danner herved et perinatal-center der ved vanskelige fødselsforløb garanterer den bedstmulige medicinske behandling.
På fødegangen i Diakonisse sygehuset fødes per år omkring 1000 børn. De gravide kvinder bliver forberedt ved gymnastik og almen fødsels- og ammeråd-givning.
Centralt for den gynækologiske afdeling er dens behandling efter operative standardmetoder. Parallelt hertil er der udviklet behandlingsmetoder der sikrer et højt niveau ved den operative behandling af kvinders underlivskræft. Gynækologiafdelingen er desuden center for brystkræftbehandling hvor afsnittets læger har et tæt samarbejde med sygehusets radiologer, patologer og speciallæger for plastikkirurgi.
