Das christliche Selbstverständnis ist das Fundament des Denkens und Handelns in der DIAKO Flensburg. Ein lebendiger Glaube und eine zeitgemäße Auseinandersetzung mit religiösen und gesellschaftlichen Fragen begleiten und prägen die Arbeit in sämtlichen Einrichtungen.
Die Arbeit begann am 29. September 1874 mit drei Diakonissen und sechs Probe-Schwestern. Sie verstanden sich als „Dienerinnen“ Jesu Christi. Heute haben sich 170 Schwestern und Brüder in der Diakoniegemeinschaft zusammengeschlossen und leben und arbeiten in der Nachfolge Jesu.
Die Ev.-Luth. Diakonissenanstalt ist nicht nur ein bedeutendes Zentrum für Gesundheit und Diakonie in Schleswig-Holstein, sie ist zugleich eine selbständige Kirchengemeinde der Nordelbischen Ev.-Luth. Kirche, die dem Auftrag verpflichtet ist, das Evangelium in Wort und Tat zu bezeugen.
Gottesdienste und Seelsorge werden angeboten. In regelmäßigen Veranstaltungen werden diakonische und christlich-ethische Schwerpunkte thematisiert.
Auch das Referat für Ethik, das die DIAKO als eines der ersten Krankenhäuser eingerichtet hat, ist eines von vielen Beispielen für die aktive Umsetzung des christlichen Auftrages.